Existen diversas teorías sobre el origen y distribución de los Koi, una de la más difundida es la que afirma que la carpa (Cyprinus Carpio), procede originalmente de alguna zona de Irán, de ahí los antiguos comerciantes de Persia la introdujeron en China y el este de Europa. Por el contrario otras teorías afirman que la carpa es originaria de China, puesto que se han encontrado fósiles, de más de 20 millones de años, de los ascendientes del Cyprinus Carpio, en este país. Según la primera teoría esta carpa constituía un excelente alimento, por ello, durante las dominaciones de China por Japón, fue llevado a este país. Por el contrario la segunda teoría afirma que las carpas fueron introducidas en el siglo VIII en Japón, eso si, por el mismo motivo, esto es, servir como alimentos a los campesinos. Esta segunda teoría afirma que la carpa fue introducida en Europa por los cruzados, y distribuida por los monjes por toda la geografía europea, también para uso alimenticio. Ambas teorías afirman que estas carpas, eran criadas por los cultivadores de arroz en los canales en el área montañosa de Niigata, y que eran un complemento a la dieta durante los duros y fríos inviernos que dejaban a esta área de Japón prácticamente aislada del resto. Los peces eran cosechados en otoño y después eran salados o ahumados para su consumo durante el invierno. Estos peces presentaban a veces unas mutaciones en el color, apareciendo tonos azulados y rojos entre el color original (marrón oscuro). Estos peces llamaron la atención a comerciantes ajenos al campesinado. Tras la selección y cría de estos peces mutantes se fueron depurando los colores y obteniendo otros nuevos, estos comerciantes se los llevaron a otros lugares de Japón, se cree que esto debió ocurrir sobre el año 1840 donde pronto se hicieron populares entre la alta sociedad, convirtiéndose en un símbolo del estatus social.

Al principio debido a las malas comunicaciones, esta popularidad se quedó reducida a Japón, pero conforme fueron mejorando las comunicaciones, se fueron introduciendo nuevas líneas y cruces entre estas carpas. Así en 1904 se introdujo la carpa de espejos en Japón, procedente de Alemania. La carpa de espejos es una carpa que ha sufrido igualmente una mutación, en la cual ha perdido la mayor parte de sus escamas. Este cruce dio lugar a las variedades Doitsu.

La difusión masiva y mundial de los Koi se hizo esperar debido a la dificultad de su transporte, pero con la aparición de la bolsa de plástico, estos peces se comenzaron a exportar masivamente a todo el mundo.

En la actualidad los Koi son conocidos a lo largo y ancho del mundo, y en numerosos paises se celebran Koi Shows donde se premian los más bellos ejemplares. El más importante de estos Koi Shows, es el All Japan, que se celebra cada año en Tokio.

Los koi, hoy día, son criados en muchos países del mundo. Pero los mejores ejemplares siguen procediendo de Japón, donde existen las líneas sanguíneas de mayor calidad,..

Los descendientes de aquellos campesinos, cultivadores de arroz de antaño, son hoy día los principales criadores del mundo, y siguen utilizando los mudponds para este fin. Originalmente los mudponds eran enormes estanques de barro donde se almacenaba el agua para abastecer a los campos de arroz.

En la edición del All Japan 2006, por primera vez en la historia, una pareja de europeos obtuvieron, el premio Grand Champion, eso si, con un Kohaku de origen japonés. Poco a poco, en todo el mundo, se va mejorando la calidad de los Koi, pero hoy por hoy las más bellas joyas vivientes, Nishikigoi, siguen procediendo de Japón,..